目前针对HIV的基因治疗，这两种方法都在临床前和临床研究中，修饰HIV靶向的细胞(如CD4细胞)，以使其对HIV具有抗性;或者从感染细胞中切割HIV。

　　现在有一系列工具供科学家用来破坏基因，比如转录激活因子样效应核酸酶(TALEN)，锌指核酸酶(ZFN)，以及最近的CRISPR / Cas9系统。大多数基因编辑技术消除病毒进入大多数CD4细胞，针对CCR5共受体和其他共同受体。靶向基因编辑技术ZFN已用于破坏CD4细胞中的CCR5基因，然后将其重新引入HIV感染者。

　　2014年，此类策略试验于12名艾滋病病毒感染者，如预期的那样，这些人获得了这些基因修饰的CD4细胞，然后取消了ART，他们体内的HIV水平开始上升，但随着修饰细胞的复制，体内的病毒水平被推倒。然而，修饰细胞的数量随着时间下降，大约每年减半。

　　该试验自2009年开始实施，所有参与者现已重新接受治疗。2015年采用类似技术，通过在HIV感染小鼠中引入改良血液干细胞，降低了80%至95%HIV水平。一旦病毒消失，细胞没有任何损伤迹象，似乎可以防止再感染。目前这种技术仅用于实验室中，下一步是增加修饰细胞的频率，实现“功能性治愈”并消除持续HAART的需要。

　　最近，研究人员使用CRISPR-Cas9基因编辑技术中的酶作为“剪刀”，以非常特殊的方式切割DNA - 通过去除某种有助于病毒复制的基因、或插入有助于建立免疫细胞防御感染的基因，切割DNA，最终从感染细胞中完全去除HIV基因。