鉴于高频突变数量有限，利用cfDNA进行癌症早期检测对早期癌症患者的敏感度可能较低，相比之下，大规模表观遗传变化的检测则没有类似的限制。

　　2018年11月15日，一项液体活检最新重磅研究成果发布，一种基于免疫共沉淀的新型高通量cfDNA甲基化测序技术，名为甲基化cfDNA免疫共沉淀测序(cfMeDIP-seq)。该技术仅需几纳克DNA就能鉴别不同癌症类型特有的DNA甲基化特征，帮助研究人员早期发现癌症。

　　玛格丽特公主癌症中心团队作出了假设：将免疫共沉淀技术与高通量测序结合，通过对富含CpG区域进行特异性富集，以此提高检测效率。

　　新型cfMeDIP-seq技术经过优化，上样量可低至1~10 ng，MeDIP-seq(100 ng)可以重现，简化甲基化测序(RRBS，1000 ng)和全基因组亚硫酸氢盐(WGBS，2000 ng)。

　　在结直肠癌cfDNA甲基化检测中，cfMeDIP-seq比MeDIP-seq表现出更强大的检测重复相关性，其CpG富集效果可达到上样前的2倍(图1b,1c)。同时，cfMeDIP-seq比超深度杂交捕获突变测序，在ctDNA检测中有着较高的灵敏度。

图1. b：将HCT116 DNA掺入MM.1S多发性骨髓瘤DNA，利用cfMeDIP-seq与MeDIP-seq观察到的甲基化信号和预期的检测结果具有良好的相关性。c：使用cfMeDIP-seq检测结肠直肠癌患者以及患者来源异种移植物(PDX)，比较上样前与上样后(IP)ctDNA(人)占血浆总cfDNA(人+小鼠)的百分比变化。

　　通过对照检测24名健康人的血浆cfDNA，与24名早期胰腺癌患者，14716个不同的甲基化修饰区域被找到，对照中有4785个，来自癌症患者有9931个。此外，实验还获得了45173个差异甲基化CpG。通过对比TCGA数据与甲基化区域，发现这些区域在肿瘤组织中呈高甲基化，该研究强化了根据cfDNA追踪肿瘤DNA的假设。

　　此外，cfMeDIP-seq可以从健康对照中区分24名早期胰腺癌患者，还可以通过识别特定的甲基化特征区分癌症类型。

图2. cfMeDIP-seq检测来自7种不同肿瘤类型的样本：PDAC，AML，BLCA，BRCA，CRC，LUC和RCC，包括早期和晚期肿瘤，以及健康对照。对于每种癌症类型，鉴定了癌症类型和正常对照之间的DMR。

　　虽然cfMeDIP-seq技术还需要在独立样本中进行验证，但该研究有望带来一种非侵入性、高灵敏度的低成本早期癌症检测手段。